微生物指标中，菌落总数、大肠菌群和霉菌超标是造成月饼变质的罪魁祸首，除部分大肠菌群的细菌为兼性厌氧菌，需要缺氧的生存条件，其他均需要有氧及温暖湿润的繁殖环境。因此导致微生物指标超标主要来自以下原因：（1）生产场所、设备和人员的卫生条件没有达标；（2）月饼烘焙中心温度不够，杀菌不彻底；（3）与月饼接触的包装材料杀菌不彻底；（4）包装材料的氧气和水蒸气的渗透性较大；（5）包装存在泄漏的地方，氧气和水汽趁虚而入。

通过上述分析，可知引发微生物超标的细菌均具有喜温嗜湿的特性，据文献资料显示，霉变月饼较正常月饼平均水分含量高出9.9%-14.9%，这意味着月饼的水分含量越高，越容易发生霉变，18%-19%为月饼霉变的水分含量临界值。由于新制作的月饼水分含量在20%-25%，降低其水分含量将成为月饼储藏阶段的重要任务。而通常的储藏方法控温容易控湿难，因此主要依靠有效的包装材料和包装形式降低月饼自身的含水量、阻隔外界的液态水和水蒸气。